“Introducción a la Representación Molecular”. Desde que hemos comprendido que los átomos se combinan entre sí ha estado latente la pregunta, ¿cómo es la forma tridimensional que resulta de esta combinación?
La herramienta fundamental para responder esta pregunta es un tipo de luz que puede iluminar el interior mismo de la materia: son los rayos X. Los estudios iniciados hace casi un siglo permitieron abrir la puerta a un mundo sumamente intrigante, arduo y fascinante. Gracias a aquellos primeros estudios hoy es común que “doble hélice” nos signifique “ADN”.
El papel de la representación molecular ha sido clave en grandes descubrimientos de la ciencia contemporánea. La mencionada doble hélice es resultado de la paciente elaboración de un modelo molecular a escala que dé cuenta de los datos experimentales. Esto llevó unos 20 años desde las primeras aproximaciones hasta alcanzar el modelo final consolidado.
Este libro trata de presentar al lector las primeras claves para entender cómo es la forma molecular, cómo se codifica en un modelo, dónde pueden encontrarse esos modelos y cómo visualizarlos y comprenderlos. El lector encontrará la explicación de los conceptos fundamentales relacionados con la geometría molecular, problemas de aplicación y explicaciones prácticas del uso de programas de computación de distribución gratuita que le permitirán comenzar a crear sus propios modelos moleculares.
En el capítulo 1 se trata el tema de los átomos como unidades que por combinación constituirán entidades más complejas: las moléculas. Se presentan las distintas formas en que los átomos más frecuentes en la materia orgánica se combinan consigo mismo y con otros átomos.
En el capítulo 2 presentamos el modelo molecular más sencillo, el del gas ideal. A partir del estudio de este modelo se han sentado las bases de los desarrollos ulteriores en cuanto a las distintas interatómicas.
En el capítulo 3 nos referimos a la teoría de repulsión de pares electrónicos que da cuenta de la forma tridimensional de moléculas sencillas.
En el capítulo 4 mostramos distintas formas de codificar esta geometría y presentamos herramientas para crear y visualizar modelos moleculares.
El capítulo 5 está dedicado a explicar detalladamente el tratamiento geométrico de las coordenadas moleculares.
Espero que disfruten de este libro tanto como yo lo hice al escribirlo.
Autor
- Pablo E. Rosi
Doctor en Química Biorgánica
